学会的宗旨是：以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和三个代表思想为指导，全面贯彻落实科学发展观，总结全国合作经济发展的经验，借鉴国际合作经济理论和经验，探索合作经济的客观规律，研究适合中国国情的合作经济的形式、发展途径和正确政策，支持合作经济组织，向党和政府提供决策参考意见，为推动全国合作经济的发展，建立社会主义市场经济体制，建设中国特色的社会主义服务。
学会的主要任务是：加强合作经济理论工作者、实际工作者和宣传教育工作者之间在研究工作上的联系和协作，推动合作经济理论和实际问题的研究；加强调查研究，开展合作经济信息交流和咨询服务活动，并向有关方面反映情况，提出建议促进研究成果在实际工作中的应用；组织培训工作，为发展合作经济事业培养人才；开展同国外合作经济界的交流和合作；编辑出版有关合作经济的书报刊物和资料。
学会会员主要有合作经济社团和企业、事业单位的学术研究组织以及热心合作经济研究，有一定的理论基础或实践经验者。范围包括全国供销合作、工业合作、信用合作、农业合作经济、农村专业合作、乡镇企业、城镇集体经济、住宅合作、消费合作等九大系统。学会的最高权力机构为会员代表大会，理事会是会员大会闭会期间的执行机构，每届任期5年。学会第一届理事会会长为杜润生，副会长季龙等6人；第二届理事会会长为刘杰，副会长季龙等9人；第三届理事会会长为谢华，副会长肖万钧等13人。并聘请政府有关部门、从事合作经济研究、在基层企业工作的老领导、老专家、企业代表等65人为学会顾问。
学会成立20年来，在促进合作经济组织的联合、组织学术研讨方面做了大量工作。尤其是抓住集体经济、合作经济改革和发展的若干重要问题，开展研究活动，取得了一些成果，并在社会上产生了一定影响，为政府决策提供了一些参考意见。
学会日常工作由秘书长主持，下设秘书处、学术部、编辑出版部等部门。主办《调查与研究》与《内部参阅》（内部刊物）。